سازمان امور مالیاتی باید مطابق آیین نامه ماده 219 اظهارنامه‌های ارسالی را با توجه به ضوابط مشخص مورد حسابرسی مالیاتی قرار دهد و برای مؤدی دعوتنامه ارائه اسناد و مدارک صادر کند. فاصله روز دعوت این دعوتنامه جهت ارائه اسناد و مدارک نباید از 7 روز کمتر و از 15 روز بیشتر باشد و در مواردی که به درخواست مؤدی و با تایید و موافقت مسئول حسابرسی این تاریخ می‌تواند تا 10 روز دیگر نیز تمدید شود.
با توجه به اینکه مؤدی اسناد و مدارک درآمد و هزینه را ارائه داده یا ارائه نداده است حسابرسی مالیاتی رسیدگی خود را انجام می‌دهند و گزارش حسابرسی را تکمیل نموده و با توجه به گزارش حسابرسی مالیاتی، برگ تشخیص مالیاتی صادر می‌شود و به مؤدی ابلاغ می‌گردد.
مطابق ماده ۲۹ آیین نامه اجرایی ماده 219 قانون مالیاتهای مستقیم مصوب 09/09/1398 انواع حسابرسی مالیاتی به شرح ذیل می باشد:
الف- حسابرسی اداری: در حسابرسی اداری با ابلاغ برگ دعوت ارائه دفاتر، اسناد و مدارک حسب مورد از مؤدی دعوت می‌شود در زمان تعیین شده، با همراه داشتن دفاتر، اسناد و مدارک درخواستی به اداره امور مالیاتی مربوط برای حسابرسی مراجعه نماید. مؤدی مکلف است در زمان تعیین شده به اداره امور مالیاتی مراجعه نماید.
دفاتر، اسناد و مدارک درخواستی اداره امور مالیاتی پس از حسابرسی حداکثر ظرف شش روز کاری از تاریخ صورت مجلس به مؤدی مسترد می‌شود .
ب- حسابرسی میدانی: در حسابرسی میدانی با ابلاغ برگ دعوت ارائه دفاتر، اسناد و مدارک حسب مورد به مؤدی اعلام می‌شود تا در زمان مراجعه حسابرس یا حسابرسان به اقامتگاه قانونی مؤدی و یا محلی که قبلا به صورت مکتوب به اداره امور مالیاتی اعلام شده است، نسبت به ارائه دفاتر، اسناد و مدارک درخواستی حسب مورد اقدام نماید.
فاصله تاریخ ابلاغ تا اولین روز مراجعه نباید کمتر از ۷ روز و بیشتر از ۱۵ روز باشد. در صورت درخواست مؤدی و موافقت مسئول حسابرسی مهلت مزبور تا ۱۰ روز از تاریخ تعیین شده قابل افزایش خواهد بود.
ج- حسابرسی بازرسی: این نوع حسابرسی به منظور بررسی موارد مربوط به فعالیت اقتصادی مؤدی از جمله حجم، وضعیت، نوع، موقعیت و شناسایی اموال وی در موارد خاص برای تکمیل اطلاعات مورد نیاز حسابرسان و سایر حوزه‌های کاری انجام می‌شود. در این نوع حسابرسی هیچ اظهارنامه مالیاتی برای حسابرسی انتخاب نمی‌شود.
د: حسابرسی بازبینی : بعد از خاتمه حسابرسی، اداره امور مالیاتی می‌تواند نسبت به انتخاب برخی از گزارش‌های حسابرسی به منظور بررسی و ارزیابی کیفیت آنها اقدام نماید.
